地名由来：大兴区的青云店镇最早叫西店、清润店，起初只有二三十户人家。在古代清润店南头，有家客店叫“马林店”。南方举子进北京赶考，一般会在此落脚。有一年几个举子同住“马林店”，店主热情招待。当晚，一个年轻举子做了一个梦，梦见他考上了状元，官运亨通，青云直上，被皇上封为八府巡按、钦差大臣，他一路除赃官，斩恶霸，为民请命。第二天清晨，他把店主和举子们叫到一块，把梦中情景叙述了一遍。他还认真地对店主人说:“这店名何不改叫‘青云店’？”店主不解地问道:“为何要改成这个名字？”举子说:“此店距离京城不远，举子们进京赶考要在这里下榻，由此进京，就可能青云直上，步步青云，所以改叫青云店不是很吉利吗？你的生意肯定会更加红火的。”店主认为言之有理，当场决定把“马林店”改为“青云店”。这个举子在兴致正高时提笔书写了“青云店”三个大字。后来这个举子果真考上了状元，还专门再次光顾此店。由于青云店这个名字实在是吉利，赶考的举子们为了沾沾状元的喜气，也千方百计地到青云店来落脚，青云店从此名声大震，整个地区的名字也由清润店变成了青云店。

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青云店镇属京南古镇之一，历来市肆繁华，商旅凑集，有各式大小门店200余家。旧有古刹德云寺、东岳庙，现已无存。1958年镇南庙内发现残存辽代经幢两节，其上镌有“大辽安次县北徐里”等文字。辽时称北徐里。因地处今永定河东，水源充沛，土地肥沃，清康熙年间改称“青润店”。光绪年间称青云店，有“京南巨镇”之称。

1991年为镇建制。位于大兴县东部，距黄村东南16公里。镇域面积40.17平方公里，南北长6.5公里，东西宽7公里，略呈方型。东部与长子营乡、朱庄乡交界；西连魏善庄、垡上乡；南部与安定镇毗邻；北部与红星区太和乡、北京市通县接壤。辖31个行政村。全镇5119户，22735人。1997年底，镇域面积40.17平方公里。辖31个行政村。有7284户，21826人，其中非农业人口1221人。2000年合乡并镇，垡上乡并入青云店镇。镇政府驻地青云店村西北。

至2010年底，辖域面积70.3平方公里。位于大兴区东部。东与长子营、通州马驹桥镇接壤；西与黄村镇相接；南与安定、魏善庄二镇为邻；北隔通黄公路、新凤河与瀛海、西红门二镇相望。辖49个行政村。户籍人口34342人，流动人口36554人。

历史沿革：

1949年3月至1954年5月，为大兴县人民政府所在地。

1953年，建立青云店镇。

1958年，划属采育人民公社。

1961年，析建青云店人民公社。

1983年，撤社复乡。

1990年，改为镇建制。

2000年，合乡并镇，垡上乡并入青云店镇。