地名由来：因街道办事处辖区位于小南头村而得名。

2021年平城区撤销水泊寺乡，设立白登山街道、文瀛湖街道，水泊寺街道、小南头街道。

以原水泊寺乡的寺儿、西王庄、东王庄、小南头、西谷庄、艾庄、塔儿7个村委会的行政区域为小南头街道的行政区域，街道办事处驻小南头村。