地名由来：据传明时此村曾设有驿站，因与北站对称。故称为南站，又因该村每逢阴历三、八为集市，故有站集之称，1948年始称南站至今。

2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，南站街道上榜。

2022年12月，山东省农业农村厅确定南站街道为2022年山东省级农业产业强镇。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，南站街道榜上有名。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，南站街道榜上有名。

2013年12月，山东省政府办公厅公布南站街道为山东省“百镇建设示范行动”第二批示范镇。

2012年12月，环境保护部授予南站街道2010—2011年度国家级生态乡镇称号。

南站镇是济宁市委市政府创新体制机制设立的十四处新型乡镇之一，2008年7月28日，汶上县委、县政府根据市委、市政府《关于进一步加强省级经济开发区（工业园区）建设的意见》（济发〔2008〕16号）、《关于推进新型乡镇建设试点工作的通知》（济发〔2008〕20号）文件精神，将原汶上镇的23个行政村并入南站镇，与经济开发区合为一体，组成新型乡镇。新型乡镇辖54个行政村，区内总人口12万人，其中常驻人口8.6万人，版图面积103平方公里，扩大了开发区规模和发展空间。近年来，在县委、县政府的坚强领导下，区镇始终坚持以科学发展观统揽经济社会发展全局，立足“佛都新城、文化名镇、发展特区、生态宜居”的新型乡镇发展定位，牢牢把握“高点定位跨越发展”的总基调，按照“产业兴县”和“开创工业振兴新纪元”的总体要求，拼搏奋进，攻坚克难，区镇经济社会呈现出又好又快发展的良好态势。

冯令颜民居

冯令颜民居位于汶上县南站镇野庄村，年代为古建筑，类别为古建筑。2016年12月26日，济宁市人民政府公布其为济宁市第五批市级文物保护单位。

赵庙徐氏家祠

赵庙徐氏家祠位于汶上县南站镇，年代为清。2015年6月23日，赵庙徐氏家祠被山东省人民政府公布为山东省第五批省级文物保护单位。

李街石刻群

李街石刻群位于汶上县南站镇李街村西南，年代为明，类别为石窟寺及石刻。2001年3月1日，李街石刻群被公布为济宁市市级文物保护单位。

东尚庄遗址

东尚庄遗址位于汶上县南站镇东尚庄村东，年代为大汶口文化、商、周、汉，类别为古遗址。1986年3月8日，东尚庄遗址被公布为济宁市市级文物保护单位。

历史沿革：

1948年程村镇下辖南站村。

1956置南站乡。

1958年9月属东风人民公社。

1958年12月改称南站人民公社。

1962年3月析分南站人民公社、义桥人民公社。

1984年5月改称南站区。

1986年2月撤区改称南站镇。

2020年6月30日撤销南站镇设立南站街道。