地名由来：因境内曾有座塑神像百尊的庙宇，故名百神庙。

2021年1月，2020年度安徽省卫生城市（县、区、乡镇）名单出炉，百神庙镇榜上有名。

2020年4月，百神庙镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。

2019年5月，百神庙镇被授予2018年度安徽省森林城镇称号。

百神庙镇位于舒城县东部，距县城25公里，东与巢湖市庐江县毗邻，一九九二年并乡时，由原百神庙镇、白马宕乡、周公渡乡合并而成，全镇总面积为72平方公里，共辖18个村1个居委会，238个村民组，耕地面积2835公顷，林地面积428.5公顷，总人口45758人，亚热带季风气候，平均年降水量约1000毫升，年平均气温16.5℃，无霜期235天。

百神庙镇历史悠久，相传早在明清年代，百神庙地势由伏、坐、卧三虎会聚而成，因而县内鹿起庙派僧化斋建庙于此，塑神像百尊，人称百神庙，镇名由此而来。

百神庙镇区位优势明显，基础设施日臻完善,镇区距合九铁路、沪蓉高速公路舒城站仅15公里。建成了镇内循环交错，对外四通八达的交通网络，省道丰军路、新南路穿境而过，村村通公路，晴雨通车，已建成柏油路面近50公里，通村水泥路面11公里，到2010年将完成通村水泥路面80公里。

电力供应安全、方便、充俗。1999年建成35KV变电所一座，10KV出线4路全长160公里，供电可靠率在99.8%以上，严格执行国家规定的电价标准，抢修班24小时为用户提供服务。

通讯网络方便、快捷。分别建设了移动和联通两座信号基站，程控电话装机已达7000多门。

集镇面貌日新月异：截止2005年底，共投资800万元，改造了周公渡街道、百神庙老街，新建了白马宕、周公渡2个农贸市场，完成了百神庙农贸市场改造扩建一期工程。配套了排水、路面石、路灯等设施，增强了街道的功能，通过开展创建工作，使街道达到绿化、亮化、净化，提高了集镇的品位.

历史沿革：

1951年设枣木桥、百神庙、太平乡。

1961年建百神庙公社。

1983年体制改革重建古楼岗乡。

1984年改古楼岗乡为百神庙镇（乡级镇）。

至此再无变更。