地名由来：在北宋年间名为草桥关，后因战挖沟，战后房舍尽毁，村民沿沟南迁，取名草沟。

2023年8月，安徽省爱国卫生运动委员会命名草沟镇为2022年度安徽省卫生城镇。

草沟始建于北宋时期，以盛产畜牧产品和水产品而得名，历史上是有名的商贸重镇，素有“小南京”之称。草沟镇为省级中心镇，地处泗县西南部，与灵壁、固镇、五河三县接壤，全镇辖46个行政村，耕地14万亩，镇域人口8.7万人。

草沟镇交通极为便捷，329省道穿境而过，东行18公里与104国道303省道相通；西行40公里，抵达京浦线；距徐州观音机场仅100公里；货远船工只可由新汴河经洪泽湖进入长江。

二00五年以来，镇党委、政府一手抓招商引资，一手抓基础设施建设，积极促进经济发展。本年度招商引资项目9个，协议引进资金4000万元，到位资金1500万元，农业基础设施项目12个，总投资500万元。

历史沿革：

1949年4月设沱东区，1956年3月改为草沟区；1958年8月公社化时成立草沟公社；1961年12月恢复草沟区；1969年3月重设草沟公社；1980年1月复设草沟区。

1992年3月撤区分设草沟镇、瓦韩乡。

2005年1月原瓦韩乡整体并入草沟镇。