地名由来：马颈坳镇，因马颈坳镇人民政府位于溪马社区，溪马社区地形和马的颈部相似，故得名。

2023年1月，湖南省“十四五”乡村振兴示范乡镇创建名单公布，马颈坳镇入选。

2020年1月，湘西自治州爱国卫生运动委员会命名马颈坳镇为2019年度湘西自治州卫生乡（镇）。

撤销寨阳乡、白岩乡、马颈坳镇，新设立马颈坳镇

吉首市辖镇。1950年属三区，1956年设乡，1958年设红旗公社，1984年改马颈坳乡，同年改镇。位于市境北部，面积86.2平方公里，人口1.7万，苗族人口占75%。镇政府驻溪马。枝柳铁路经此并设站。公路有吉(首)古(丈)省道纵贯南北。辖火车站、老街、新街3个居委会和溪马、新湾、枫香、竹寨、红岩排、米坡、合群、阳田、康营、林农、团结、隘口、几此、榔木坪、泪比河15个村委会。每逢农历一、六日为墟场。乡镇企业有酒厂、建材厂、建筑队、加工厂及饮食服务公司等。农产品有水稻、玉米等，特产冷寨河绿茶。

历史沿革：

清代时期，马颈坳镇境域属三里，民国时期，分属东乡二区，良彰。

1950年，属三区。

1956年，设立红旗公社，1984年，社改乡，称马颈坳乡，同年改镇，称马颈坳镇。