原­为明代养马之地，称兔南马房。成村后村内人家多开旅店，清代初年京城赴髻山进香的行人车马多宿此地，故名。民国初期属顺义县第三区，驻有警备小队。抗日战争时期，隶属抗日联合县，为游击队与日伪军双方争夺的要地，化名为“大厂”。1949年4月划属顺义县第二区。

村党支部建于1948年。

该村在清代有恭亲王府旗地。1941年1月平密兴联合县县长朱晓宣在此开辟抗日游击区。1944年8月二区小队拔除小店敌据点。

小店村位于杨镇西南部，现有住户345户，人口957人，耕地面积2384亩。

党支部书记：刘松联系电话：61412904

小店村与沙岭村、荆坨村、于庄村、井上村、徐庄村、李辛庄村、东庞村、松各庄村、西庞村、沙子营村、王辛庄村、良庄村、白塔村、高各庄村相邻。

小店村附近有奥林匹克水上公园、焦庄户地道战遗址、森鑫森林公园、北京顺鑫绿色度假村、汉石桥湿地自然保护区、北京国际鲜花港等旅游景点，有万绿宝酸萝卜、鑫双河樱桃、蜂糕、炒肝儿、羊羯子、河北村樱桃等特产，有天福号、天福号酱肘子制作技艺、牛栏山、顺义曾庄大鼓、北京象牙雕刻等民俗文化。