地名由来：因镇政府原驻地村而得名。相传，明洪武年间(1368-1398），有穆、丁、马三姓始祖，由河北省枣强县一带迁居于此，马姓者以开店兼营，卖麻为业，买卖兴隆，商贾慕名来投，一度“麻店”之名扬声于外，逐借名为村名。

2023年3月，农业农村部推介麻店镇为2022年全国乡村特色产业产值超十亿元镇（西瓜）。

2022年12月，山东省农业农村厅确定麻店镇为2022年山东省级农业产业强镇。

2022年4月，麻店镇被确定为第三批山东省乡村振兴“十百千”示范创建乡（镇、街）。

2021年10月，农业农村部遴选推介麻店镇为2021年全国乡村特色产业十亿元镇。

2020年3月，麻店镇入选2019年度山东省省级耕地保护激励乡（镇、街道）。

2019年9月，农业农村部认定麻店镇为第九批全国一村一品示范村镇（西瓜）。

麻店镇位于黄河下游，鲁北平原，地处黄河三角洲腹地，全部为黄河冲积平原。全镇辖72个行政村，人口3万，耕地4300公顷，版图面积77平方公里。

这里光照充足，四季分明，属温带半湿润大陆性季风气候。年平均气温12.2摄氏度，无霜期184天，年增均降雨量589毫米。

历史渊源。自秦始皇东巡设置厌次县以来，已有2200多年的历史。中国春秋时期大军事家、＜＜孙子兵法＞＞的作者孙武就诞生在这里；汉代大文学家东方朔、隋唐画家展子虔、元代剧作家康进之、现代青年科学家胡可心也都诞生在这里。麻店方圆10公里内有全国现存唯一清代城堡式民居建筑群“魏氏庄园”宋代古城墙遗址，完整的古护城河，中国孙子兵法城等名胜古迹。

历史沿革：

该镇民国时期为惠民县第五区。

1948年全县辖区统改称谓，更名麻店区。

1950年全县辖区统一调整，复名第五区。

1955年9月全县辖区地名统改称谓，更名麻店区。

1956年12月麻店区分化为麻店、宋桥、店子三个乡。

1958年2月区划调整，麻店乡、宋桥乡（部分）、店子乡（部分）合并为麻店乡。

1958年11月建立人民公社时，麻店乡更名为麻店公社。

1961年麻店公社更名麻店区，下辖肖万、盐张、王店、五牌、麻店等5个公社。

1969年9月全县撤区改社，复名麻店公社。

1984年全县撤销人民公社建乡镇，麻店公社改建为麻店乡。

1995年12月麻店乡更名为麻店镇。