地名由来：墨尔多，藏语意为神秘的陨石。因原岳扎乡境内有墨尔多神山，故名。

2022年1月，墨尔多山镇被评定为2021年度甘孜州乡村振兴先进县（镇）。

2021年11月，四川省农业农村厅认定墨尔多山镇为四川省第二批乡村治理示范村镇。

2019年，以原东女谷乡克格依村、基卡依村、呷仁依村、波色龙村、罕额依村、折龙村、李龙村和原岳扎乡所属行政区域为墨尔多山镇的行政区域，墨尔多山镇人民政府驻岳扎坝村1组39号。