地名由来：南汉刘䶮（917～941年）为帝时，常到岛上狩猎，并设昌华宫作休憩地。后南汉王在此建有御花园——昌花苑，作为皇家花园和陵区，以供南汉皇室游览、玩乐、狩猎、憩息和祭陵拜祖之用，当时为了管理和保卫昌华苑，设专职管理官员官苑使，又建两座亭子为守军哨所，建在北部的叫北亭，南面的叫南亭。后在南亭附近建村，便以南亭为村名。

2019年10月，南亭村入选2019年广东省卫生村名录。

小谷围街南亭村距离番禺市区21公里，离小谷围街道办事处2公里，与广州大学城广东工业大学、广东美术学院相邻。广州大学城兴建前，村民主要从事农业生产。大学城建设后，部分村民仍留原地居住；部分受拆迁影响的村民则搬往谷围新村安置。现该村面积约2.16平方公里；户籍人口3100多人，流动人口近1000人。集体经济收入主要来自村属土地发包收入，旧村闲置土地、村属商铺和渡船等出租收入。

南亭村与北亭村、穗石村、贝岗村、星汇社区相邻。

历史沿革：

南汉刘䶮（917～941年）时建村称南亭，1987年设立南亭村民委员会，属新造镇。

2004年属小谷围街道。

南亭村附近有广州长隆旅游度假区、番禺莲花山、余荫山房、广东科学中心、沙湾古镇、番禺宝墨园等旅游景点，有姜撞奶、石楼禾虫、南村桃花、榄核冬瓜、新造胡萝卜、爬树鸡等特产，有沙坑醒狮、沙湾飘色、沙湾水牛奶传统小食制作技艺、沙湾何氏广东音乐、番禺鳌鱼舞、沙亭龙船乸崇拜等民俗文化。