地名由来：因辖内有主要住宅类小区百合花园，故名。

2021年11月，广州市住房和城乡建设局确定百合社区为广州市2021年绿色社区。

2019年9月，百合社区上榜2018年广东省“民主法治示范村（社区）”创建单位名单。

百合社区是广东省广州市海珠区南石头街道下辖的社区，城乡分类代码为111，为主城区。区划代码为440105011126，居民身份证号码前6位为440105。邮政编码为510000，长途电话区号为020，车牌号码为粤A。百合社区与棣园社区、翠城社区、庄头社区、南箕社区、南景园社区、顺意社区、保利社区、红棉社区、晓燕湾社区、泉塘社区、石岗社区、沙溪社区、纸北社区、纸南社区相邻。

历史沿革：

自2008年命名以来沿用至今。

百合社区附近有广州海珠国家湿地公园（海珠湿地公园）、广州塔旅游区、中山大学、孙中山大元帅府纪念馆、广州海珠湖公园、珠江琶醍啤酒文化创意艺术区等旅游景点，有老火靓汤、脆皮烧鹅、广绣、雷州羊肉火锅、酥皮鸡蛋挞、广州玉雕等特产，有海幢寺传说、洪圣诞、妈祖信俗（龙潭村天后诞）、海珠咸水歌、广式腊味制作技艺等民俗文化。