地名由来：传说明万历十九年（1591年）大旱，“三太白”降雨济民，后修三官庙以祀奉，遂得村名三官庙。清改名庙背后，后又复今名。因镇政府驻三官庙村而得名。

2015年，根据省市相关文件，蓝田县政府决定：撤销金山镇，并入三官庙镇，镇名三官庙镇，镇政府驻三官庙村；

蓝田县辖乡。建国初为三官庙乡，1958年建东方红公社，1984年改为三官庙乡。位于县境北部，横岭之上，属丘坡农牧林区，距县城25公里。面积55平方公里，人口1.7万。蓝(关镇)金(山)公路和沿山公路通过。辖三官庙、冯岭、韩岭、新房街、高坪、杨井、面张岭、里峪湾、朵家坡、曹湾、马湾、过风岭12个村委会。农业主产小麦、玉米、豆类，特产柿子、柿饼，养牛、猪、鸡、蜂。乡镇企业有毛毯、农机、砖瓦、木器加工等厂。

历史沿革：

中华人民共和国成立初，属厚镇区所辖。

1960年，成立横岭公社。

1962年，改横岭区。

1964年，改名为三官庙公社。

1966年，更名为东方红公社。

1977年，恢复原名。

1984年，改为三官庙乡。

2011年，三官庙镇改设为三官庙镇。

2015年，撤销金山镇，并入三官庙镇。