地名由来：因镇政府驻小店村得名。建于北宋年间，据传系由本县楼村（芦村）一户在运粮河边开小店发展成村而得名。

2014年7月，小店镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

博野县辖镇。1962设小店公社，1983年改乡，1992年改镇。位于县城北，距县城8.5公里。面积34.8平方公里，人口2.8万。博(野)温(仁)公路过境。辖小店、张营、北魏庄、吴王庄、肖庄、白庄、胡庄、周于庄、米家庄、曹庄、油里铺、谭庄、闫庄、北祝、西杜村、东杜村16个村委会。农业主产小麦、玉米、棉花。工业以油漆、衬布、食品加工为主。