地名由来：木耳为藏语，意为“下雪”。

2023年2月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名木耳镇为2022年度甘肃省卫生乡镇（街道）。

乡政府驻地多坝村，辖区北与临潭县新堡乡隔河相望；南以迭山与迭部县为界；东、西两端分别与纳浪、大族两乡接壤，中部与柳林镇环接插花。乡政府距县城13公里，有岷麻公路东西贯穿乡境。乡址多坝村地理坐标为东经103°35＇、北纬34°33＇。全乡总面积948.49平方公里，面积与人口在全县各乡镇中均属首位。辖11个村委会，43个村民小组，农牧业人口1826户8580人。

历史沿革：

1949年以后，历属柳林镇、多坝乡、木耳乡、洮南公社、博峪乡等。

1965年底，多坝、木耳2乡合并。

2002年1月17日，撤乡建木耳镇。