地名由来：明洪武年间王姓傍河建村，因河槽较窄，形似咽喉，故名侯咽集。侯咽集镇政府驻侯咽集村，故名。

2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，侯咽集镇（小麦）榜上有名。

2020年12月，山东省农业农村厅公布2020年山东省农业产业强镇名单，侯咽集镇榜上有名。

2020年5月，侯咽集镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。

侯咽集镇辖68个行政村，95个自然村，63000人，总面积100.36平方公里，6729.7公顷耕地。2000年3月被省委省政府批准为郓城县是心镇。

1998年来，镇党委政府带领广大干部群众，充分发挥本镇资源优势，坚持以市场为导向，以结构调整为主线，大力发展农村经济，全镇经济结构进一步优化。蔬菜生产、莲藕开发植桑养蚕初具规模，畜牧养殖业、林果业成为新的经济增长，镇办企业、民营企业迅速壮大，第三产业发展势头强劲，2000年，全镇工农业总产值2.21亿元，人均纯收入1695元，比1999年人均增收47元。2001年全镇人均纯收入2100元，比1998年增长15%，储蓄余额10500万元，人均1600元，比1988年增长41%。

历史沿革：

1958年建立侯集人民公社。

1982年因与曹县侯集重名，更名为侯咽集人民公社。

1984撤社建镇时，改为侯咽集镇。

2001年2月，撤销梳洗楼乡并入侯咽集镇。