地名由来：阿伊纳，哈萨克语，“镜子”的意思，其境内的大小苏干湖如镜子般镶嵌在花海子草原上，故名。

2023年2月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名阿伊纳乡为2022年度甘肃省卫生乡镇（街道）。

省政府常务会议研究确定，同意将阿勒腾乡分设为阿勒腾乡和阿伊纳乡。