地名由来：因境内的栖霞山得名。栖霞取自“饵霞栖云”一语，本指修仙成道，后被隐士喻超尘脱俗。南齐时山上建了栖霞寺。山随寺名，故称栖霞山。
2022年8月，栖霞区入选2022年度县市科技创新百佳典范第47位。
2022年7月，栖霞区入选2022赛迪百强区，排名第50。
2021年12月，2021年中国工业百强区名单出炉，栖霞区位列第33位。
2021年11月，赛迪顾问发布2021年全国投资竞争力百强区，栖霞区位列第42。
2021年11月，栖霞区上榜2021中国最具安全感百佳县市第65名。
2021年8月，栖霞区上榜2021中国高质量发展百强区（直辖市以及副省级城市市辖区），位列第43位。
2021年8月，栖霞区上榜2021中国夜经济繁荣百佳县市，位列第85。
2021年8月，栖霞区上榜2021赛迪中国百强区，位列第50位。
栖霞区位于北纬32°02′50″～32°14′41″，东经118°45′42″～119°14′50″，地处南京市东北郊。东，北起龙潭街道马渡村东长江中心航道，与镇江市丹徒区、句容市接界；自马渡村沿便民河至龙潭街道，经东阳至漳桥一线，与句容市接界；再绕西岗果牧场南端，以灵山与南京市江宁区接界。南，以仙林街道、马群街道，与南京市江宁区、玄武区接壤。西，以迈皋桥街道十字街起、至燕子矶街道与南京市鼓楼区毗邻。北，从燕子矶街道渡师石起，绕八卦洲街道北，经栖霞街道，至龙潭街道马渡村，以长江中心线为界，与南京市六合区及仪征市隔江相望。全区总面积395.44平方公里（含长江水面）。
栖霞区地质构造属宁镇褶皱带，是地质学上二叠系下统栖霞组命名地。地势起伏大，地貌类型多，低山、丘陵、岗地、平原、洲地交错分布。土壤类型，大致可分为低山丘陵区、岗地区和平原（含洲地）区三种。栖霞区地形大势南高北低。南部丘陵、岗地连绵起伏，海拔多在50～300米之间，栖霞山雄峙江左，海拔284.7米。北部沿江平原及江中洲地，地势低平，海拔在10米以下，水面、滩涂资源丰富。长江横贯东西，有长江岸线80多千米（含八卦洲环江岸线）。区内植物区系属泛北极植物区中国—日本森林植物亚区的华东地区和华北地区，具有起源古老、植物种类丰富、南北成分兼有、亚热带植被性质显著的特点。区内动物属东部丘陵、平原亚区区系，系亚热带林灌、草地—农田动物群。由于受人类生产活动影响，自然界虎狼等大型野生动物已经绝迹。
7000年前，栖霞地区已有先民从事渔猎活动，并创造了农业文明。公元前20世纪至前17世纪，栖霞境内开始出现两大原始聚落，一为玄武湖聚落，一为东北沿江聚落。春秋战国时期，“周武王有天下，封周章于其地”，栖霞地区先属吴，继属越，再属楚。秦始皇三十七年（前210），秦始皇第五次东巡经此北归，并设置江乘县。时江乘县境域广阔，西起南京石头城、白石垒沿江而东至句容市下蜀镇，再南折至江宁区淳化街道，连同今南京市鼓楼区、建邺区、秦淮区、雨花台区统在其领属之下。至南朝齐武帝永明七年[489，一说永明元年（483）]，山东高士明僧绍，史称明征君，在摄山（今栖霞山）结庐隐居，后舍宅为寺，名为“栖霞精舍”，即今栖霞寺，栖霞始得以冠名至今。
栖霞区历史悠久，人文荟萃，文化积淀丰厚，文化遗存众多，向为旅游胜地。这里山川形胜，栖霞山氤氲缭绕，燕子矶惊涛拍岸，南京长江第二大桥、第四大桥长虹卧波；经济和社会事业蒸蒸日上，国家级开发区南京经济技术开发区强势发展，南京市仙林大学城（仙林新市区）悄然崛起；俊杰满目，从秦始皇到清康熙乾隆皇帝，从处士明僧绍到诗仙李白，从过海大师鉴真到无尽意翁赵朴初，从北洋政府总理颜惠庆到民族实业家姚锡舟，从意大利航海家马可·波罗到人民教育家陶行知，特别是近现代，革命先行者孙中山、中华人民共和国缔造者毛泽东等，古往今来无数风流人物均曾在此驻足流连，指点江山，吟诗抒怀，建功立业。
“一座栖霞山，半部金陵史”，成为南京史学界一种定见和共识。栖霞区在南京市的历史发展变迁和实施沿江开发战略过程中具有独特的地位和作用，令世人瞩目。
1999年末，栖霞区辖马群、尧化、摄山、栖霞、龙潭、燕子矶、迈皋桥7个镇以及长江、营防、八卦洲3个乡。2000年5月30日，撤销迈皋桥、燕子矶、尧化和马群4镇，分别改为街道。撤销摄山镇，并入栖霞镇，组建新栖霞镇；撤销长江乡、营防乡，合并后组建靖安镇。2001年12月14日，撤销栖霞镇，设立栖霞街道；撤销八卦洲乡，设立八卦洲镇。栖霞区乡的建制消亡。2002年3月26日，经市政府批准，原属南京市奶业集团的南京仙林农牧场改列为栖霞区政府直属单位，更名为“南京市栖霞区仙林农牧场”。2002年12月11日，市政府批复同意撤销龙潭镇，以其原辖区域设立龙潭街道，下辖5个居委会、7个村委会。2004年2月6日，市政府批复同意,在仙林新市区规划范围内成立仙林街道,下辖1个社区委员会。2005年5月16日，经省政府批准，撤销八卦洲镇和靖安镇分别设立街道，至此栖霞区镇的建制消亡。2009年7月30日，经南京市政府批准，设立西岗街道，下辖4个社区居委会。2011年5月4日，桦墅村和孟北村从江宁区汤山街道划入西岗街道。2012年7月2日，撤销靖安街道，将其整建制划入龙潭街道。2013年8月21日，栖霞街道栖霞街社区并入栖霞村，改名栖霞社区；迈皋桥街道增设春晓园、汇虹园、景和园、山水园4个社区。
目前，栖霞区辖尧化、龙潭、西岗、栖霞、马群、仙林、迈皋桥、燕子矶、八卦洲9个街道，共121个居（村）委会。
历史沿革：
1934年10月，于燕子矶一带设南京市第九区，于孝陵卫一带设南京市第十区。
1939年1月，改称为燕子矶区和孝陵卫区。
1945年，复称为南京市第九区、第十区，并扩大辖区范围。
1949年1月，划出燕子矶区八卦洲，设南京市第十四区。
1949年5月，撤销第十四区，并入第九区。
1950年6月，改第九区为第八区，改第十区为中山陵园区，并调整辖区范围。
1953年7月，句容县龙潭镇和江宁县尧辰、石埠、衡阳、仙女、新合、栖霞6个乡镇及摄山乡、三阳乡部分区域划入南京市，新建第九区，区人民政府驻栖霞镇。
8月划第八区八卦洲的七里、上坝、中桥、下坝、巽离5个乡划归六合县。
1955年8月改第八区为燕子矶区，改第九区为栖霞区。
1956年2月，江宁县龙永乡、三阳乡和句容县东阳乡划归栖霞区，六合县八卦洲5个乡复归燕子矶区。
1960年9月，撤郊区，分属鼓楼、玄武、下关3区。
1963年，复设燕子矶区、中山陵园区和栖霞区。
1965年5月，燕子矶、中山陵园区并入，治在栖霞镇（1968年迁至板仓镇，1971年5月迁至尧化门）。
1970年1月划出马群、紫金山、玄武湖3个公社和孝陵卫镇，新设南京市钟山区。
1975年中山区并入栖霞区。
名称沿用至今。