地名由来：土寨有南门、西门、东北门三座，门楼用青砖砌劵，安有铁木大门。及时较为繁荣，设有药铺、酒馆、四口牛肉锅等生意。宋初，苗姓在此开店发了大财，加之苗姓户大势众，故名苗家店，建成苗店。

2023年9月，苗店镇被确定为河南省第一批乡村建设示范乡镇。

社旗县辖乡。1949年设属唐河县兴隆区郝寨乡，1958年改郝寨公社，属方城县陌陂区，1965年划归社旗县，1983年改乡。位于县城东南，相距9公里。面积175平方公里，人口5.2万。南(阳)驻(马店)公路过境。辖郝寨、李洼、年庄、王营、十里井、大郝庄、石桥、康庄、揣洼、胡里、韩庄、尤庄、红庙、贾庄、胡庄、邢庄、徐庄、郑庄、闫台、五十里、张桥21个村委会。乡镇企业以农机具修理、建筑为主。农产小麦、棉花、红薯、苹果、芝麻。

历史沿革：

1947年设苗店区，属唐北县。

1955年更名苗店乡。

1961年为太和区苗店公社，属唐河县。

1965年划饶良、陌陂、太和3个区属社旗县。

1966年撤苗店公社。

1975年复置苗店公社。

1983年改为苗店乡。

1998年设苗店镇。