地名由来：因地处山峪口且盛产木头（木材）而得名。

2021年11月，木头峪镇入选陕西省乡村振兴示范镇。

2019年8月，陕西省第一批省级历史文化名镇名单出炉，木头峪镇榜上有名。

佳县辖乡。1942年属店镇区，曾设木头峪、刘木瓜沟2乡，1958年改设为高艾家沟公社，同年归属店镇公社，1961年佳米分县，设木头峪公社，1984年改乡。位于县境东南部，黄河岸边，距县城18.5公里。面积74平方公里，人口1.2万。榆(林)吴(堡)公路沿西部边缘而过。辖张家圪塝、杜家元、曹家崄、乔家新庄、新舍窠、合心圪达、上崄、下崄、柳树圪券、刘木瓜沟、东山、铁芦沟、高艾家沟、于家峁、张家湾、羊圈山、于家山、李家崄、贺家畔、高家山、木头峪、小畔、张家畔、高家元、张家元、前畔、高李家沟、元崄则、林家崄、井畔、枣树条、牛圈沟、薛家畔、乔家峁、雷家畔、高家畔、梨山37个村委会。农业以种植谷子、马铃薯为主。

历史沿革：

清末民初属浮图峪地方。

民国二十三年（1934年），属店镇联保处。

民国三十一年（1942年），改属店镇区，设木头峪乡。

1952年7月，属三区（驻地店头）。

1958年10月，属高艾家沟公社。

1961年9月，成立木头峪公社，辖37个生产大队。

1984年7月，改设为木头峪乡。

2015年6月28日，陕西省调整乡镇行政区划，撤销木头峪乡，设立木头峪镇。