地名由来：原名坳店子，相传民国六年（1917年），根据两个本地有名文人刘以南和唐占薰的名字的最后一个字取名南薰。

2020年7月，全国爱国卫生运动委员会重新确认南薰镇为2020年国家卫生乡镇（县城）。

安岳县辖乡。清建坳店场，1929年更名南薰场，1932年改场为乡，1958年改公社，1984年复置乡。位于县境西南部，距县城32公里。面积50.8平方公里，人口2.6万。通公路。辖鱼鳞、方田、红山、田心、文峰、川主、凤城、开福、大东、极恩、油湾、染房、禾兴、石坝子、太益、玉河、田寨、双盐18个村委会。农业主产水稻、小麦、红薯、玉米。

历史沿革：

古属巴蜀。

秦属巴、蜀2郡。

梁属普州。

隋属资州。

唐武德二年（619年），属普州。

明洪武九年（1376年），属安岳县。

1950年，设南薰乡，属第十区（天林区）。

1956年，划归周礼区。

1958年，改南薰中心公社。

1961年，改南薰公社。

1984年，公社改乡。

1992年8月，永峰乡并入。

2015年12月，经四川省人民政府批准，安岳县撤销南薰乡，设立南薰镇，以原南薰乡的行政区域为南薰镇的行政区域。