地名由来：从明朝洪武至景泰年间，先后有牛、闫、程、刘、赵等姓迁此定居，因赵氏人数最多，故统一称为赵楼，因重名于1982年4月改为南赵楼。而南赵楼镇人民政府驻地在南赵楼村北，故该行政区域命名为南赵楼镇。

2020年12月，山东省农业农村厅公布2020年山东省农业产业强镇名单，南赵楼镇榜上有名。

2014年6月，环境保护部授予南赵楼镇2012—2013年度国家级生态乡镇称号。

郓城县辖乡。1958年建灯塔公社，1959年改南赵楼公社，1963年更名陈里长公社，1974年改南赵楼公社，1984年建乡。位于县城南，距县城25公里。面积52.3平方公里，人口3.5万。鄄(城)巨(野)公路、郓(城)南(赵楼)公路于境内交会，赵王河、洙赵新河横贯境内，水利条件优越。辖南赵楼、金庄、邵垓、沈庄、褚庄、甄庄、魏庄、张河湾、盐厂、商营、郭楼、富李集、袁庄、李翟庄、南玉皇庙、王大、郑营、王垓、章窑、扈东南、扈西南、扈东北、扈西北、莲王、东姚、西姚、东刘三、四里庄、南康庄、樊庄、康垓、白王庄、白集、郭谭34个村委会。乡镇企业以窑业、酿酒、纺织和养殖业为主。农业以小麦、玉米、大豆、花生、棉花、蔬菜等种植为主。条编产品远销日本、美国、韩国、新加坡、香港、台湾等10多个国家和地区。

历史沿革：

清末分属白西、白东、玉东、玉西、辛庄集诸里。

1928年为南靖、边绥、云树、胡营、礼厚、梁庄、西姚等乡分辖。

1940至1942年归郓南县四区和五区，1944年划入郓巨县四区和五区。

1949年属郓城县四区，1952年为五区和七区分辖，1958年撤区并乡后，分属赵楼、辛庄集、王老虎3乡。

1958年秋建赵楼公社，1963年改名为陈里长公社，1982年因与菏泽县赵楼公社重名更名，更名为南赵楼公社，1984年撤社建南赵楼乡。

2010年5月撤销南赵楼乡，设立南赵楼镇至今。