地名由来：以镇东涧边的马家坝而得名马坝。

2021年10月，马坝镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第903位。

2019年12月，马坝镇被认定为全国乡村治理示范乡镇。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，马坝镇位列第235名。

2018年12月，第二批江苏省生态文明建设示范镇村名单出炉，马坝镇上榜。

2014年7月，马坝镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

2012年12月，环境保护部授予马坝镇2010—2011年度国家级生态乡镇称号。

2009年1月，马坝镇上榜第二届全国文明村镇名单。

马坝镇，以镇东涧边的马家坝命名，1985年11月撤乡建镇。该镇位于县城东部，相距31公里。镇域东与安徽省天长市接壤，南跟黄花塘镇、穆店乡相连，西与维桥乡毗连，北与观音寺镇为邻。境内西南高，东北低，属丘陵地区。马坝镇位于宁连、宁徐一级公路，宁淮高速公路和徐扬公路交汇处，洪泽湖南岸，是苏北重要的水陆交通枢纽。全镇总面积197.5平方公里，辖23个行政村、2个居委会、213个村民小组，总人口10万余人。2005年，全镇实现国内生产总值6.59亿元，财政收入3100万元，农民人均纯收入5563元。2004年以来，马坝镇先后被授予全国重点镇、省文明镇称号，被评为省新型示范小城镇，连续四年跻身淮安市“十强乡镇”行列。

大云山汉墓群

大云山汉墓，位于盱眙县马坝镇云山村的大云山顶，于2009年底由南京博物院考古研究所进行考古勘探与发掘，取得了重大考古发现。现已确认大云山顶部是汉代的一座规模宏大的陵园，总面积达25万平方米，

历史沿革：

1958年成立马坝公社、东阳公社、高桥公社，1983年改马坝乡、东阳乡、高桥乡。

1985年马坝撤乡建镇。

2000年东阳乡,高桥乡并入,同年黄桥村、楼庄村、永丰村、瓦地村划归金湖县戴楼乡。

2018年，观音寺镇并入马坝镇。