地名由来：牦牛山和菩萨山桠口附近养有绵羊，俗称绵羊桠口，故名绵桠，后称棉桠。

2021年1月，棉桠镇入选2020年四川省卫生乡镇（街道）名单。

盐源县辖乡。1952年设棉垭乡，1972年改公社，1984年复置乡。位于县境西北部，距县城35公里。面积294.4平方公里，人口1万。盐木公路过境。辖核桃园、汪家山、清河、塘泥湾、木邦营、绵垭6个村委会。农业主产马铃薯、玉米。畜牧业以马、牛、羊、猪、禽为主。

历史沿革：

1952年，设棉桠自治乡。

1956年，改棉桠乡。

1972年，乡改公社。

1984年，公社改乡。

2020年6月，以原棉桠乡和原大草乡白杨坪村、石花村、牦牛山牧场所属行政区域为棉桠镇的行政区域。