地名由来：磨坝藏族乡因乡政府驻地河坝曾有较多水磨而得名。

2023年3月，磨坝藏族乡被授予甘肃省第十六批省级文明村镇称号。

武都县辖乡。1950年设磨坝乡，1958年并入透防公社，1986年析桔柑乡置磨坝藏族乡。位于县境西部，面积88平方公里，人口0.5万，其中藏族占32%。有公路接212国道。辖庄科梁、唐家、小板石、竹园子、曹家湾、磨坝、东岳山、中腰、潘家湾9个村委会。农业主产小麦、玉米，盛产当归、柑橘、核桃、花椒等。

历史沿革：

清朝时期，属旧城里。

民国二年（1913年），划归后旧城。

民国二十四年（1935年），为终南乡。

1950年7月，为磨坝、改石乡，属透防区。

1952年，增设东村乡。

1955年10月，东村乡并入改石乡。

1958年3月，改石、磨坝乡合并为桔柑乡；10月组建为桔柑公社；同年11月，并入透防公社。

1961年6月，从透防、三河公社划出部分大队复设桔柑公社。

1983年12月，复属桔柑乡。

1986年6月，桔柑乡析置磨坝藏族乡。