地名由来：水宁寺镇因镇人民政府驻地位于水宁寺附近而得名。

2020年7月，全国爱国卫生运动委员会重新确认水宁寺镇为2020年国家卫生乡镇（县城）。

巴中市辖镇。南北朝置水宁郡，1950年置水宁乡，1958年改公社，1984年置水宁寺乡，1993年建镇。位于市境东部，距市府35公里。面积54平方公里，人口2.2万。巴中至通江至?达县2条公路在境内交会。辖龙台、印盒、梭椤、红栋、佛坎、勇山、天宫、沙嘴、枇杷、凉风、金银坎、、橙子垭、香炉、龙骨、三皇、水宁寺16个村委会和水宁居委会。乡镇企业有建材、电力、农机修配等业。农业主产水稻、小麦，兼产柑橘。养殖生猪、蚕。以鱼为主的风味小吃名扬川陕。现有保存完整的省级重点文物盛唐彩雕。

历史沿革：

水宁寺原名始宁。

西晋时，现水宁寺镇一带始设始宁郡。

元末，划归巴州。

1993年9月，斯连乡改为水宁寺镇。

2019年12月，撤销花溪乡，划归水宁寺镇管辖。