地名由来：因境内马祖寺，故名，马祖寺，明万历年间开建，清乾隆年间重建，意在纪念唐代佛教禅宗第八代祖师马道一。

马祖镇，旧名两路口、兴隆场，位于中国成都平原西北部，隶属什邡市。1950年建乡农协会。1951土改成立兴隆乡人民政府。1958年更名为兴隆人民公社。1960年1月，什邡与广汉合县，因重名改为两路口公社。1983年恢复两路口乡人民政府建置。1988年撤乡建镇，集镇位于什邡市城区以北6公里处。镇政府驻地处东经104°12’，北纬31°09’。镇境北连灵杰；南接皂角、元石；西与南泉、云西接壤；东和双盛相邻。境内全是平原，地势由西北向东南倾斜，起伏不大，平均海拔560米，西北端海拔600米，东南端海拔530米。

马祖镇属亚热带湿润气候区，平均气温16°，全年日照约1258马祖镇小时，年降水量959毫米集中于7、8、9三个月，全年无霜期284天。镇人民政府位于两路口集镇老街中段，按现行区划，辖14个行政村、1个居委会、122个村民小组，全镇常住人口，根据第五次人口普查资料含西南化机：2000年10月底共有9056户，26375人，以汉族为主，其中非农业人口2868人。2000年末全镇可耕地面积23085亩，其中田2101O亩，土2075亩。主要粮食作物是水稻和小麦，经济作物以油菜和叶菸为主。由于气候限制，明显呈现两季有余、三季不足的耕作特点，农民往往在大春过后继以部分秋作弥补粮食生产。2000年马祖镇粮食总产量达15552吨，完成农业总产值9742万元。生猪出栏4．9万头，小家畜禽出栏59万只。1999年10月底，马祖镇完成了第二轮土地延包工作。规定农民承包土地30年不变，马祖镇8834户农户，24147农业人口，8989个农业劳动力，共承包土地19221．1亩。为适应市场经济和现代农业的发展要求，突破传统农业束缚，马祖镇人民在镇党委、政府领导下，大力调整农业产业结构，推进农业产业化进程。2000年底马祖镇畜牧业总产值占农业总产值的40%以上，经济作物与粮食作物产值比达到2：3，农业生产不再仅局限于粮食耕种。

历史沿革：

马祖镇旧名两路口、兴隆场。

1950年，建兴隆乡农民协会。

1951年，进行土地改革并成立兴隆乡人民政府。

1958年，兴隆乡改为兴隆人民公社。

1960年1月，什邡县与广汉县合并，因重名兴隆公社更名为两路口公社。

1983年，撤销两路口人民公社，改为两路口乡，恢复人民政府建置。

1988年，撤两路口乡改建两路口镇。

2005年8月17日，两路口镇正式更名为马祖镇。