地名由来：因镇政府驻地村名而得名。清乾隆年间，漕粮旱路过此，因其地处高唐县与恩县中间站，故称腰站。

2022年12月，山东省农业农村厅确定腰站镇为2022年山东省级农业产业强镇。

2021年7月，腰站镇被命名为2021—2023年度“山东省民间文化艺术之乡”（农民画）。

2020年3月，腰站镇入选2019年度山东省省级耕地保护激励乡（镇、街道）。

平原县辖镇。1956年设腰站乡，1958年属郭庄公社，1965年析置腰站公社，1984年设镇。位于县境西南部，距县城22公里。面积55.6平方公里，人口2.4万。105国道、平腰公路过境。辖耿楼、石佛街、孔庄、窑上、韩庄、芝坊、锅培口、小辛庄、大魏庄、北堤上、小魏庄、阚庄、小屯、小吴庄、徐庄、陈牌庄、林桥、小李庄、小庄、王双堂、前槐王庄、后槐王庄、马庄、东韩营、西韩营、蒲河、大张庄、梁庄、东咸庄、西咸庄、郭庄、土屋、耿楼、塘坊、宋范、沙庄、柳庄、大白布屯、小白布屯、大尹庄、姚庄、黄庄、东街、西街、南街、北街、北张47个村委会。乡镇企业有砖瓦、建筑等行业。农业主产粮棉、苹果、梨、家禽。

历史沿革：

1956年设腰站乡；1958年属郭庄公社；1965年3月，将郭庄公社划为腰站、张华两个公社；1984年3月，撤销政社合一的人民公社体制，腰站人民公社改为腰站镇。