地名由来：因境内祁家山上建有天花娘娘庙而得名。

2023年3月，祁家庙镇被授予甘肃省第十六批省级文明村镇称号。

2019年1月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名祁家庙镇为2018年度甘肃省卫生乡镇（街道）。

祁家庙乡位于渭源县城西南部，东接清源镇，南邻五竹乡、会川镇，北与上湾乡、庆坪乡及临洮县康家集接壤。南北长18公里，东西宽9公里，总面积为95平方公里。乡政府驻周华寨，距县城15公里。

全乡辖官路、边家堡、露巴、红土庄、祁家沟、石家营、川套、乔家沟、金家坪、烟雾沟、瓦楼、大寨子、郭家山13个行政村，60个合作社，167个自然社，4012户，17309人，其中非农业人口161人。

地处南山二阴地区，地势南高北低，最高海拔（封神山）2626米，最低海拔（宋家寨）2220米。年平均气温为40C。年降水量560mm，无霜期120天。土壤比较肥沃。主要作物小麦、蚕豆、洋芋，经济作物当归、党参、黄芪、油菜等。

全乡现有初级中学1所，小学15所。共有教职工140人。

历史沿革：

1949年9月以前，属会川县。

1958年9月撤销会川县后，划入渭源县。

1958年12月，撤销渭源县划人临洮县。

1962年12月，恢复渭源县，设祁家庙公社。

1983年7月，改祁家庙乡。