地名由来：清末有王姓在此开店，称王店子，1904年兴集，名王店集。

2022年1月，王店镇被认定为2021年度阜阳市市级卫生乡镇村（社区）。

2020年7月，王店镇入选第六届阜阳市文明乡镇。

王店镇位于阜阳市区南部六公里处，东、南部接阜南县袁集镇、朱寨镇、许堂乡、三塔镇；西连颍州区三合镇；北靠清河办事处，总面积78平方公里，京九铁路、202省道南北穿境而过，交通十分便利。

全镇辖30个村委会、1个居委会、264个自然庄、456个村民组，耕地面积67854亩，19590户农户，人口70824人，现有59个党支部，1558名党员，其中农村党支部31个，农民党员1066名。镇政府驻地王店集，境内现有王店、十二里、王寨、韩寨、胡庙五个集市。

该镇是一个人口大镇、农业大镇、劳务输出大镇，种植业以小麦、玉米、大豆为主；蔬菜、棉花、芝麻、药材等经济作物种植面积也较大。养殖业以养猪为主，是远近闻名的“养猪状元镇”，同时养羊、牛、家禽数量也在逐年增加。劳务输出每年总人数近3万人，经济收入约2亿多元。

历史沿革：

镇政府驻地清末时为阜阳至焦陂的过路店，1904年兴集，因王姓住户居多，故名“王店”。

1948年10月阜阳市成立，设立王店区，辖王店、东清、西清、岔路口4乡。

1949年属许堂区。

1950年5月设立王店区，下辖16个乡；1958年10月撤销王店区，成立王店人民公社；1962年1月恢复王店区建制；1969年3月撤销王店区，再置王店人民公社；1979年8月恢复王店区，辖9个人民公社；1983年7月所辖公社均改乡；1981年2月成立王店区公所；1985年2月王店乡改为镇；1992年2月撤区并乡时，原王店镇、西清乡、十二里庙乡、韩寨乡合并为王店镇。

2005年丁寨村划归京九街道。

2006年区划调整中,唐郢村、肖郢村、张大郢村划归京九街道，其余27个村合并为14个村1个居委会，即韩寨村与金庄村合并为韩寨村，胡庙村、胡庄村、方王村合并为胡庙村，连三村与新庄村合并为连新村，王店村与部寨村合并为王店居委会，郭庄村与原王店村的一部分合并为余庄村，杨郢村与宋郢村合并为双郢村，王寨村与唐庄村合并为王寨村，刘新庄村与陈营村合并为刘新庄村，张庄村与众寺村合并为新建村，朱桥村与宁小村合并为宁小村，桃花村与大任庄村合并为桃花村，十八里村与卢庄村合并为卢庄村，顾庄村、十二里村、高棚村三个村区划没有变动。