地名由来：柯曲的柯是蒙古语音译而来的藏语名称，曲是藏语，意为河水，因行政区划内有横跨东、西两条柯曲，故名。

2014年7月，柯曲镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

东吉乡位于县境西南部，县府驻地。人口0.4万（包括县属城镇居民），以藏族为主，占总人口的79％，还有汉、土、回等民族。面积710平方千米。辖当成、目日、阿隆、东吾、安木掌5个牧委会。1954年建东吉区，1959年改为多卡公社，1962年设东吉乡,1969年设东吉公社,1984年改设东吉乡。

柯曲乡位于县境西部，距县府驻地2千米。人口0.2万，以藏族为主，占总人口的99.8％。面积896平方千米。辖达协、曲纳合、德肉、德里尖4个牧委会。1959年设柯曲公社，1984年改设柯曲乡。2001年3月5日青海省人民政府青政函[2001]14号文批复：撤销东吉、柯曲2乡，合并设立柯曲镇。

历史沿革：

1959年，设柯曲公社。

1984年，柯曲公社改设柯曲乡。

2004年，东吉乡、柯曲乡合并成立柯曲镇。