地名由来：花石峡是汉语，意为山势陡峭，山石、峡谷有花纹。

花石峡乡位于县境东北部，距县府驻地67千米。人口0.1万，以藏族为主，占总人口的97.3％。面积3188平方千米。辖措柔、卓兰、东泽、造日埂、日谢、日榜6个牧委会。1957年隶甘德县花石峡区，同年划归玛多县，1958年改设花石峡公社，1984年改设花石峡乡。地处山原、河谷地，东邻措那湖南岸。

黑海乡位于县境东北部，距县府驻地67千米。人口0.1万，以藏族为主，占总人口的97.3％。面积3429平方千米。辖吉日迈、加木恩、豆措、那尔扎、维日埂5个牧委会。1958年隶花石峡公社，1963年分设黑海公社，1984年改设黑海乡。

清水乡位于县境东北部，距县府驻地67千米。人口0.1万，以藏族为主，占总人口的97.8％。面积2187平方千米。辖扎地、折合迈、斗地、斗纳、加果5个牧委会。1958年属花石峡公社，1963年分设清水公社，1984年改设清水乡。2001年3月5日青海省人民政府青政函[2001]14号文批复：撤销清水、花石峡、黑海3乡，合并设立花石峡镇（镇政府驻地设在原花石峡乡）。

历史沿革：

1957年，隶属甘德县花石峡区，同年划归玛多县。

1958年，改设花石峡公社。

1984年，花石峡公社改设花石峡乡。

2001年3月5日，由原清水、花石峡、黑海3乡合并设立花石峡镇。