地名由来：独山原名“堵山”，后来演变为“独山”，独山村因此而得名。清中期曾在此设镇，称为“独山镇”。清末宣统年间，巨野县令赴金山香火大会，仰望金山，香火鼎盛，触景生情，曰：“有金山必有玉峰”。从此“堵山”（独山）改称“玉山”，“独山镇”更名为“玉山镇”。民国年间又改称为“独山镇”。

2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，独山镇（香辛类蔬菜）榜上有名。

2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，独山镇上榜。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，独山镇榜上有名。

2020年12月，山东省农业农村厅公布2020年山东省农业产业强镇名单，独山镇榜上有名。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，独山镇榜上有名。

2019年7月，独山镇入选2019年全国农业产业强镇建设名单。

"独山镇位于巨野县城东南14公里处，辖60个行政村，6.2万人,总面积86.6平方公里,耕地10万亩。

独山镇物华天宝，资源丰富、地势平坦、环境优越、四季分明、雨水充沛，盛产小麦、玉米、大豆、花生和棉花，是鲁西黄牛、青山羊、小尾寒羊饲养繁育基地。

独山镇交通便利、设施完善，东依津沪铁路西邻京九铁路北枕新石铁路，327国道、聊商公路、巨金公路等纵横交错，交通运输及其方便。观曹州牡丹、“览泰山名胜，游圣地曲阜，登水泊梁山，可一日往返著名的风景旅游区，金山公园座落在境内。村村通电，村村通电话、村村通有线电视、村村通柏油公路工程0完成。教育、科技、文化、卫生、计划生育等各项事业日益发展，全镇上下呈现出物阜民丰、商贾云集的繁荣景象。

实施对外开放战略，加快招商引资步伐，构筑大开放格局，是我们发展经济的基本方针，面向新世纪，镇党委、政府将以最优惠的政策，竭诚欢迎海内外有志之士来独山投资置业，大展宏图，共创辉煌。

邢海刘氏家祠

邢海刘氏家祠位于巨野县独山镇，年代为清。2015年6月23日，邢海刘氏家祠被山东省人民政府公布为山东省第五批省级文物保护单位。

金山崖墓

金山崖墓位于巨野县独山镇，年代为西汉。2015年6月23日，金山崖墓被山东省人民政府公布为山东省第五批省级文物保护单位。

红土山汉墓

红土山汉墓位于巨野县独山镇，年代为西汉。2015年6月23日，红土山汉墓被山东省人民政府公布为山东省第五批省级文物保护单位。

历史沿革：

春秋为鲁国西境，西汉属巨野县。

1694年设独山屯。

1958年9月，建立独山人民公社。

1983年4月，撤社建乡时改设独山乡。

1994年12月，撤销独山乡，设立独山镇。

2001年2月，撤销双庙乡，并入独山镇。