地名由来：驻地吴坑村。相传唐朝年间吴姓人迁当地坑边始居始称吴川，后改称吴坑。

2021年12月，浙江省民政厅认定吴坑乡为浙江省革命老区乡镇（街道）。

2020年7月，全国爱卫会命名吴坑乡为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

青田县辖乡。1949年建吴坑乡，1958年改管理区，1961年改公社，1983年复建乡。位于县境东部。面积36.3平方公里，人口1万。交通极为不便。辖吴坑、石洞、平岩、泉城、大舟山、章山、上陈、东溪、下垟、塘坑、平头山、傍岸山12个村委会。农业以种水稻、番薯为主。

历史沿革：

清末至民国期间属永嘉县永临区黄坦乡。

1948年8月划归青田县万山区。

1950年8月建立吴坑乡。

1958年改为吴坑管理区。

1961年改称吴坑人民公社。

1983年复称吴坑乡。