地名由来：因该地原属于穆阳人民公社，地处白云山南，有穆阳溪穿过，畲族人居多，故取名“穆云”，有“畲族云集”之义。

2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，穆云畲族乡（水蜜桃）榜上有名。

2021年5月，穆云畲族乡入选2022年度福建省乡村振兴示范乡镇创建名单。

2020年5月，穆云畲族乡被确定为2020年农业产业强镇建设名单。

2020年4月，穆云畲族乡被确定为2019年度福建省乡村振兴重点特色乡（镇）。

2016年12月，国家民委命名穆云畲族乡为第四批全国民族团结进步创建活动示范单位。

福安市辖乡。1958年设穆阳公社，1984年建穆云畲族乡。位于市境西部，距市府30公里。面积116.8平方公里，人口2.5万。辖桂林、洋坪、燕科、虎头、溪塔、高岭、黄儒、上洋、玉林、双溪、南山、咸福、蟾溪、龟凤、外垄、外洋、外厝、下村、上村、里楼、温岩、燕坑、岭坑、桥溪、贵洋、王楼、梨田、下逢、翁洋、科后、隆坪、中岙、竹州山33个村委会。乡镇企业有轧钢厂。农业主产水稻、薯类，兼产水蜜桃、茶叶、竹木。

历史沿革：

1949年属第四公所。

1955年属穆阳区公所。

1958年属穆阳人民公社。

1961年改属穆阳区。

1966年拆区并社又改为穆阳人民公社。

1984年10月，从穆阳公社析出设立穆云畲族乡人民政府。