地名由来：宋仁宗年间，三司使张方平家丁其同族横行乡里，县官不敢制止，民怨极深，包拯任京东转运使，理平民怨，民感其德，立祠以祀，俗称包公庙。

2021年3月，包公庙乡上榜商丘市2020年度市级文明村镇名单。

商丘县辖乡。1977年建包公庙公社，1983年改乡。位于县境南端，距县城30公里。面积51平方公里，人口3.4万。辖十付楼、佘庄、十西、大徐、孙瓦房、院庄、赵楼、乔楼、田集、杨李庄、十东、郑庄、罗庄、代庄、后庄户、双庙、包公庙、中赵楼、杜庄、王亭20个村委会。重要粮棉产区，大沙河上有县内较大水利工程包公庙水闸。

历史沿革：

1949年置包公庙乡。

1956年并入高辛乡。

1958年属高辛公社。

1962年置包公庙公社。

1965年并入高辛公社。

1977年复置包公庙公社。

1983年社改乡，属商丘县。

1997年属商丘市睢阳区。

2022年6月撤乡设镇，沿用至今。