地名由来：原名禾种，后谐音演变为今名。因在三里河以南，与北河种对应得名。

2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，南河种镇（青椒）榜上有名。

2020年5月，南河种镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。

2015年2月，中央文明委决定授予南河种镇第四届全国文明村镇称号。

2014年7月，南河种镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

南河种镇地处应县闻名山脚下，小石峪、茹越峪冲击扇地带，全镇辖26个行政村，3.6万口人，现有11万亩耕地。境内山川各半，土质肥沃，物产丰富，是一个典型的农业经济区域。近年来，镇党委、镇政府紧紧抓住发展这一要务，以结构调整为主线，以产业创新为目标，确立了“蔬菜强镇、畜牧富镇、生态兴镇、工业立镇”的经济发展战略，充分发挥区位优势，着力打造特色产业，加快了农村小康建设步伐，推动了物质文明、政治文明和精神文明的协调发展。2002年，全村农村经济总收入达2.83亿元，农民人均纯收入达2460元。

经过几年来坚持不懈求发展，全镇各项工作呈现了方方面面争创一流的崭新局面。

蔬菜产业支柱。经过几年的发展，目前已成为全省规模生产蔬菜区和晋北地区最大的无公害蔬菜生产基地。蔬菜总播种面积稳定到了6万亩，无公害蔬菜种植面积达1.5万亩，蔬菜总产量1.4亿公斤。大路菜与精细菜的配套，夏季菜与淡季菜的衔接，主要菜种达26个之多，形成了一镇一业，一村一品的生产格局，产品远销全国26省70多个地市。以全国201家定点专业市场之一的南河种蔬菜批发市场为龙头，牵动各类相关产业快速发展，已建成大型预冷库3座，脱水蔬菜厂3家，成品加工厂2家，加工储藏能力达到了5000万公斤。围绕蔬菜流通应运而生的劳务、运输等种类服务业的季节性总收入达到了700万元。仅蔬菜产业一项，全镇农民人均纯收入1400元。

畜牧养殖强势壮大。以雁门关生态畜牧经济建设为契机，全镇突出发展以奶牛为主的畜牧养殖业。2002年，扶持壮大了“富康”、“华士达”2个奶牛养殖龙头，其中“富康”奶牛场奶牛饲养量已达135头，为全市个体奶户之最。培植发展了东崔庄、大穗稔2个奶牛专业村，建起了2个高标准挤奶站。2003年，借全县奶牛养殖招商之机，全镇已引进6000亩养殖园区的投资项目达8个，其中6个奶牛养殖场、1个草料加工厂、1个黄牛改良中心，总投入在3年内将达到1.6亿元。目前，全镇奶牛饲养量已达1300多头，以奶牛为主畜牧业正成为发展农村经济的主导产业。

永镇寺

永镇寺位于应县南河种镇小石口村东北约300米处，距县城12公里，寺内建筑结构严谨，造型优美。现存正殿三间，东西配殿六间，山门六间，进深四间，东西跨耳新建钟鼓楼，构式仿古。全寺依山而建，雄伟壮

文殊寺

文殊寺位于应县南河种镇小石村后堡，年代为清代。二○一一年三月二十一日，文殊寺被公布为朔州市第一批市级文物保护单位。

大安寺遗址

大安寺遗址位于位于应县南河种镇东崔庄村南，年代为元代至民国。二○一一年三月二十一日，大安寺遗址被公布为朔州市第一批市级文物保护单位。