地名由来：从前，马姓在此打井建庄，故名马井。

2023年4月，安徽省林业局授予马井镇2022年度安徽省森林城镇称号。

萧县辖镇。1949年设马井乡，1958年改公社，1984年改乡，1992年置镇。位于县境西北部，距县城15公里。面积113平方公里，人口7万。萧(县）丰(县）公路过境。大沙河流经境内。辖长征、杨土楼、麻堤口、杨坡、冯瓦房、陈楼、道口、夏楼、大李庄、姬洼、王干集、吴酒店、吴老家、韩庄、纵大楼、范庄、王楼、权楼、阎庙、潘楼、张瓦房、朱楼、老朱集、黄楼、程楼、史庄、曲东、郭洼、马井、许破楼、曲西、彭庄、纵庄、苏楼、吴瓦房、朱庄、郝庄、鲁楼、杜行、孙庄、吴麻庄41个村委会。农业主产小麦、玉米、大豆、花生、棉花等。历史上有“韭黄之乡”的美称。乡镇企业以防腐建筑为主。

历史沿革：

1949年属杨楼区马井乡。

1958年为马井公社。

1980年，萧县设9个区，马井区辖马井、郝庄、闫集、道口、朱集、穆集6个乡。

1992年3月，撤区并乡，成立马井镇，原马井、郝庄、道口、朱集四个乡合并成为马井镇，至今。