地名由来：因地处章江南岸得名。
2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，水南街道上榜。
2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，水南街道榜上有名。
2017年4月，水南街道被授予“第九届赣州市文明村镇”称号。
水南镇位于赣州市新城区，市政中心所在地，是赣州市城市建设重点区域。东临火车站，南隔章江与沙石镇相邻，西与赣州机场、赣州经济技术开发区接壤，东南北三面环水，总面积20平方公里，其中耕地面积6563亩，水稻面积3310亩，辖4个行政村，2个居委会，总人口33716人，农业人口20851人，非农业人口12865人。镇直属党（总）支部14个，党员人数733人。近年来，水南镇坚持以-理论为指导，全面实践“-”，立足镇情，与时俱进，大力推进“农村向城市，农民向市民”的两大转变，促进经济社会事业持续快速健康发展。2005年，全镇实现地方财政收入822.78万元，引进内资12000万元，外资290万美元，农民人均纯收入3390元。水南镇依托新城区开发建设契机，形成了以建材、房地产业、家具、汽贸、果蔬等主导产业。经济的发展促进了社会的全面进步。目前，全镇经济繁荣，社会稳定，人民安居乐业，展示在人们眼前的是新城区一派蓬勃发展的新景象。
历史沿革：
1949年前属赣县赣州镇、白云乡、黄金乡部分辖地。
1950年分属赣州市白云乡和赣县长塘乡、腊长乡。
1952年分属赣州市西外乡、南外乡、白云乡及赣县长塘乡、腊长乡。
1956年6月属赣州市白云乡和赣县黄金乡。
1958年分属赣州市跃进公社（章贡乡）和赣县红旗公社。
1959年属赣州市南外公社（又名南外街道办事处）和黄金公社（又名黄金乡）。
1963年属市南外街道办事处及南桥公社。
1964年8月属白云、南桥公社。
1972年11月撤消郊区公社，原白云公社所辖大队并入南桥公社，随即改称水南公社。
1984年4月改名水南乡。
1998年8月5日，撤消水南乡，设立水南镇（赣民字﹝1998﹞126号批复）。
2020年5月7日，撤销水南镇（赣民函〔2020〕16号批复）分设水南街道，得名后沿用至今。