地名由来：传说因有孙氏兄弟三人皆为武将，长兄名孙祖，死后葬于此，故取村名孙祖。因镇政府驻地位于孙祖村而得名。

沂南县辖镇。1949年始属沂南县称第五区，1958年析出孟良崮乡称孙祖乡，同年8月成立孙祖公社，11月沂南县撤销划归蒙阴县，1961年随沂南县恢复改称孙祖区，1968年改区为公社，后复称区，1985年撤区建乡，1996年6月撤乡建镇。位于县境西部，孟良崮东南侧，距县城12公里。面积82平方公里，人口2.2万。张(庄)岸(堤)公路经此。辖孙祖一、二、三、四、五和罗安官庄、崔家庄子、东杨家庄、新家庄子、刘家坪、邢家庄子、黄庄、北匣石、南匣石、东高庄、高家围子、纸坊、乔家庄、大碾峪、罗圈崖、西高庄、新宅子、王家峪、谢家峪、幸福峪、东铁峪、联合村、连顶、西铁峪、六里沟、四里沟、刘家峪、天水栈、姚家峪34个村委会。农业以玉米、地瓜、花生为主，盛产西瓜。1940年3月，著名九子峰战斗就发生在这里。

孟良家园旅游区

孟-园旅游区位于山东省沂南县孙祖镇代庄社区，地处沂蒙红色旅游专线中段，2015年11月被评为山东省好客人家五星级农家乐、AA级旅游景区。该旅游区坐落在举世闻名的英雄孟良崮东麓，南距--6公里

历史沿革：

孙祖镇建国初期始称孟良崮公社。

1928年，境域属沂水县依汶区（后称五区）。

1939年10月，沂南县设孙祖乡。

1941年6月，改称孙祖区。

1958年2月，增设孟良崮乡（驻地代庄）；10月，分设孙祖、孟良崮二个人民公社。

1963年5月，设孙祖区。

1968年，改称孙祖公社。

1983年5月，撤销公社设孙祖区。

1985年9月，撤区设孙祖乡。

1996年12月，撤乡设孙祖镇。

2001年，代庄乡并入。

镇名沿用至今。