地名由来：以境内最高山峰百山祖而得名。百山祖，海拔1856.7米，庆元县第一高峰，浙江省第二高峰。因其山势峻拔雄伟，号称“百山之祖”。

2022年12月，浙江省“千村示范、万村整治”工作协调小组办公室公布2022年度浙江省美丽乡村示范乡镇名单，百山祖镇上榜。

2022年3月，百山祖镇入选2022年浙江省美丽城镇建设样板创建名单（文旅特色型）。

2021年12月，浙江省民政厅认定百山祖镇为浙江省革命老区乡镇（街道）。

2020年11月，百山祖镇被确定为2019年度丽水市红色示范乡镇（街道）。

2020年7月，全国爱卫会命名百山祖镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

2010年3月，环境保护部授予百山祖镇2010年国家生态建设示范区之“全国环境优美乡镇”称号。

庆元县辖镇。1961年属后广公社，1981年从后广析称黄皮管理区，1984年按驻地改称车根乡，1992年由车根乡、斋郎乡合并更改百山祖乡。位于县境东北部，距县城38公里。面积91.1平方公里，人口0.4万。公路通县城和龙泉。辖车根、桐梓、黄皮、桥陌、斋郎、龙岩、栗洋、枫树坪8个村委会。是著名的香菇发祥地和产区。龙岩村是世界人工制菇鼻祖吴三公故里。境内的百山祖峰(海拔1867.7米)是浙江第二高峰洞宫山主峰，为国家级自然保护区，以“绿色宝库”闻名遐迩，以“百山祖”命名的以“百山祖冷杉”为代表的珍稀树达种16种之多。

百山祖

百山祖国家级自然保护区位于浙西南闽浙交界的庆元县境内，属洞宫山系，由福建武夷山向东北伸展而成，主峰百山祖海拔1856.7米，为浙江省第二高峰。区内群峦叠嶂，峰岭逶迤，风光绮丽，气象万千。独特

历史沿革：

明属松源乡向方里，清属松源乡第一、第二都。

民国属枫合乡、乔竹乡。

1950年车根部分属东乔乡，1956年属后广乡，1961属后广人民公社1981年析称黄陂管理区1984年称车根乡。

1951年析建斋郎乡，1958年称斋郎管理区，属新村人民公社，1961年称斋郎人民公社，1984年复乡。

1992年，全县撤扩并，由车根乡和斋郎乡两乡合并称百山祖乡。

2013年3月，根据浙政函[2013]61号文件，撤销百山祖乡、合湖乡建制，合并设立百山祖镇后属百山祖镇。

百山祖乡是“全国环境优美乡”“浙江省生态乡”。