在飞鸾塘闸门南侧，古时船坞，故名。1958年成立大队，1984年改为村委会。驻地在飞鸾街北端，飞鸾港水道南侧。辖南门坞1个自然村，1个渔民小组。94户，438人，常住420人，180多人信仰天主教。杨、章、黄等姓，原为水上渔民，1966年迁居此地。现有小学校舍1幢，医疗站1个，日用商店3间，天主教堂1座。海域3665亩，90%以上村民养殖牡蛎、出海捕捞，少数外出务工。通电、电视、电话、自来水、水泥路。

南门坞村与南山村、梅田村、蒲岭村、连顺村、骑龙岗村、飞鸾村、陈家洋村、上村村、鸾港社区、沈洋村、新瓷社区、亭里村、澳里村、碗窑村相邻。

南门坞村附近有支提山、上金贝“中华畲家寨”、霍童古镇、三都澳斗姆风景区、洋中古镇、宁德东湖水利风景区等旅游景点，有天山绿茶、蕉城晚熟龙眼、三都澳晚熟荔枝、天山红、宁德缢蛏、虎贝黄家蒸笼等特产，有宁德霍童线狮、霍童铁枝、闽东畲族乌饭制作技艺、黄家蒸笼手工技艺、霍童“二月二”灯会、蕉城水密隔舱福船制造技艺等民俗文化。