地名由来：独店镇因地处古歧凤通往北部之通道，为中途住宿之处而得名。

2023年2月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名独店镇为2022年度甘肃省卫生乡镇（街道）。

2021年8月，独店镇入围2021年度中国苹果产业百强镇。

2014年6月，环境保护部授予独店镇2012—2013年度国家级生态乡镇称号。

独店镇地处灵台县东部甘陕两省泾长灵三县交界之处，交通便捷、商贾云集、商贸活跃，为陇东商贸重镇，也是首批市列小城镇建设示范镇。全镇辖21个村168社3.53万人，总流域面积162平方公里。

独店开发较早，人杰地灵，文化积淀丰厚，晋代政治家、思想家、文学家、针灸医学鼻祖皇莆谧于公元256年，移居独店张鳌坡，博览群书，精心研读，耕作种药，行医济世，《针灸甲乙经》在此问世，留有“皇莆花园”、“皇莆谧陵园”等古籍遗址。春秋战国时鲁国大夫左丘明择居独店秋社射，并安葬于此，现留有丘明古冢。姚李、饮马等西周古墓群出土国家珍贵文物多件。

改革开放以来，全镇上下抢抓历史机遇，面向市场，强基础、调结构、创特色、兴商贸、开放开发，经济社会长足发展。2004年底，国民生产总值达到万元，人均GCP达到元，财政收入万元，农民人均纯收入元。农业内部结构日趋合理，草畜、林果、药材产业初具规模，种植优质牧草1.2万亩，肉牛年存量1.2万头，林果面积0.87万亩，种植药材1.67万亩。城镇面貌大大改观，完成总投资4810万元，城镇化水平达到了27.9％。乡镇工业以磷肥、小化工、建筑建材、地毯轻纺、交通运输、商贸流通等行业为支撑点，兴办各类企业59户，个体工商户842户，工业总产值达到2447万元。

先辈的独店人民创造了历史辉煌，今天的独店人民将以崭新的精神风貌，坚持科学的发展观，与时俱进，铸造辉煌。坚持推进农业产业化经营，实施城镇化带动战略，大办乡镇工业，弘扬艰苦创业精神，大力改善生态条件，努力建设繁荣兴旺的新独店。

独店是一片亟待开发的热土，真诚欢迎省内外、国内外客商来独店投资，共同开发，共同发展。

历史沿革：

1949年以前，为独店乡，后设独店区。

1957年，撤区并乡，恢复为独店乡。

1958年，成立独店公社；同年10月，与中台合并为灵台公社。

1964年，恢复独店公社。

1983年，改为独店镇。