地名由来：南麂岛，别名海山，因形似奔麂状而得名，以之为镇名。
2021年12月，南麂镇被认定为2021年度浙江省森林城镇。
2020年7月，全国爱卫会命名南麂镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。
2020年5月，南麂镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。
2019年9月，农业农村部认定南麂镇为第九批全国一村一品示范村镇（大黄鱼）。
2019年1月，南麂镇被认定为2018年度浙江省美丽乡村示范乡镇。
2008年4月，环境保护部授予南麂镇第七批全国环境优美乡镇称号。
南麂镇是平阳县的一个海岛镇。位于平阳县东南海面、距鳌江镇30海里，温州市50海里，离台湾基隆140海里。东面稻挑山为中国领海基线点。最大岛屿为南麂岛，是镇政府所驻地，面积764平方公里，因岛形似麂而名。南麂列岛由52个岛屿组成，陆域面积11.13平方公里，其中本岛7.64平方公里。主要景点：主要有三盘尾风景区、大沙岙景区和特色岛屿及历史人文景观。南麂镇共11个行政村，常住人口共2413人，来自大陆驻岛季节性生产的渔民和暂住人口有7000多人，主要经济来源为渔业、旅游业和服务业。
南麂于1955年2月26日解放。东面稻挑山为中国领海基线点。最大岛屿为南麂岛，是镇政府所驻地，面积764平方公里，因岛形似麂而名。岛上气候温和，年平均气温为16.5度，夏无酷暑，冬无严寒。南麂镇共11个行政村，常住人口共2413人，来自大陆驻岛季节性生产的渔民和暂住人口有7000多人，主要经济来源为渔业、旅游业。南麂镇是平阳县的一个海岛镇。位于平阳县东南海面、距鳌江镇30海里，温州市50海里，离台湾基隆140海里。南麂列岛由52个岛屿组成，陆域面积11.13平方公里，其中本岛7.64平方公里。南麂于1955年2月26日解放。98年，全镇社会总产值达到2355万元，其中渔业产值855万元，以旅游为主的第三产业产值1500万元，渔民人均收入3446,6元，比1997年增加20.6%，一九九七年顺利通过了县小康办的验收。1999年来岛游客达4.5万人次，全镇实现国内生产总值2698万元，其中渔业总产值966万元，以旅游业为主的第三产业产值1370万元，财政收入227.9万元，人均收入达4566元。-
南麂列岛有“贝藻王国”、“碧海仙山”和“海上神农架”之美誉，是国家级海洋自然保护区，是我国加-合国教科文组织“人与生物圈”保护网络的海岛，2001年升格为省级风景名胜区与全国游钓基地（乐园）。
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基础设施
共投资160万元在“万景园”景区建造了门亭、公厕、凉亭、护栏、景区回头路等设施。共引进1600万元，建成柳成山庄、南麂大酒店、俄罗斯木屋、康乐山庄、碧海山庄等旅游服务设施。共投资130万元，拓宽改进了司令部至火昆岙的公路，开通了永乐园至后隆村的机耕路，并对永乐园至国圣岙的公路进行了勘测。还引进3000万元进行防波堤，环岛公路建设。开辟了温州、瑞安、鳌江至南麂的三条航线，各地游客慕名而来，岛上客流量逐年增加。1997年底实现了村村通程控电话，最近筹建的手机站正在紧张施工中，即将投入使用。南麂人民盼望已久的24小时供电风/柴/蓄发电系统已与丹麦草签合同申报省级风景区工作进展顺利，已经通过了省建设厅专家实地考察。
20世纪90年代以来，该镇投入引进大量资金，积极完善岛上的基础设施，促进了旅游业等各项事业的发展。政府共投资160万元在“万景园”景区建造了门亭、公厕、凉亭、护栏、景区回头路等设施。共引进1600万元，建成柳成山庄、南麂大酒店、俄罗斯木屋、康乐山庄、碧海山庄等旅游服务设施。共投资130万元，拓宽改进了司令部至火昆岙的公路，开通了永乐园至后隆村的机耕路，并对永乐园至国圣岙的公路进行了勘测。还引进3000万元进行防波堤，环岛公路建设。开辟了温州、瑞安、鳌江至南麂的三条航线，各地游客慕名而来，岛上客流量逐年增加。1997年底实现了村村通程控电话。
南麂镇在文教卫生事业上投入了大量资金。建设的“联通希望小学”建筑面积达1042平方米，各项教学设备正在不断完善，极大促进了南麂教育事业的发展。扩建卫生用房达900平方米，改善了南麂的卫生状况，环境面貌焕然一新。“普九”、初保工作合格，村级组织和建设健全，社会治安稳定，精神文明建设良好。二十一世纪是海洋的世纪，开发海洋资源，发展海洋经济，已成为南麂全镇人民的共识。南麂镇党委、政府将带领全镇人民，同心同德、艰苦奋斗，把南麂建设成为环境优美，文明富裕的现代化新海岛。
历史沿革：
“明万历十年设有南麂副总兵，清顺治十八年迁徙，其地始墟。”1925年前后邑人王理孚组织渔佃公司，募民垦种。
1940年称南麂乡，隶鳌江区。
1949年5月平阳解放，国民党县政府迁往南麂。
1954年5月9日，蒋介石视察大陈岛返回途中登临南麂岛。
1955年2月，国民党军队撤退时，将岛上1996名岛民全部带往台湾屏东县高树乡。
后温州专员公署动员本县及瑞安、文成等县移民，并成立南麂乡人民政府，隶洞头县管辖。
1957年划归本县，属鳌江区管辖。
1958年改为南麂大队（管理区），属鳌江公社。
1961年成立南麂公社，隶县政府南麂办事处管辖。
1983年改称南麂乡，隶属不变。
1990年为南麂岛办事处。
1997年南麂乡改为建制镇。
2011年并入鳌江镇。
2016年恢复南麂镇建制。