地名由来：相传当地一官勤政爱民，死后百姓在此修庙纪念，故名长官庙。

2012年12月，环境保护部授予长官庙镇2010—2011年度国家级生态乡镇称号。

长官庙乡位于吴起县西南部的三道川内，距县城21.8公里，东西宽21公里，南北长30公里，总面积244.7平方公里。辖12个行政村，74个村民小组，1333户，6014人。

长官庙乡地处白于山南侧低山梁丘陵区，地势西南高、东北低。全乡共有耕地33443亩，其中川台坝地4800亩，林地3400亩，草地3200亩，村村公路畅通，通电村11个，通电率达91.7％；通电话村6个，电话入村率达50％；开通了无线通信。

该乡地下石油资源丰富，属于全县的重点石油开发区，据初步探明，全乡12个村均有石油资源，蕴藏量十分丰富，目前，全乡共有投资商20余家，出油井200余口。

在经济发展中，长官庙乡在农业方面重点以谷子、小麦、玉米等粮食作物为基础，以烟、羊、杏、油豆为主导产业，以洋芋等作物为后续产业，随着石油开发的兴起，长官庙乡围绕石油开发大力发展乡镇企业。个体经济发展迅速，有个体工商户100多家，从业人员4500人。

历史沿革：

民国三十一年（1942年），由甘肃省华池县水泛区划归吴旗县三区（水泛区）二乡。

1958年，与杜大岔乡合并，成立长官庙公社。

1984年，改设乡。

2009年8月，改设镇。