地名由来：相传旧时此地为一片花栎树林，其间建有寺庙取名“花林寺”。

2023年6月，花林寺镇被纳入2022年度湖北省乡村振兴示范乡镇创建名单。

2022年11月，文化和旅游部确定花林寺镇为第二批全国乡村旅游重点镇（乡）。

2020年7月，全国爱卫会命名花林寺镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

远安县辖镇。1956年为花林乡，1958年设城关公社，1975年改为花林公社，1980年更名为花林寺公社，1987年设花林寺镇。位于县境南部，距县府7公里。面积219.8平方公里，人口2万。荷(花)当(阳)公路纵贯中部。辖花林寺、桃李、木瓜铺、魏家岗、慈化、雷电、三孔、金凤、柿树埫、龙凤、姜家坪、凤阳、安宁、吴家坪、太平、罗家堰、瓦屋岗、魏家冲、远宜、宝华、横岩坪、谭家埫、长岭岗、长凤、高楼25个村委会。农业以种植水稻、小麦、玉米、油菜为主，土特产有茶叶、板栗、梨、柿、核桃。乡镇企业有煤炭开采、木材加工、建材等行业。.

宝华海会之塔

宝华海会之塔位于花林寺镇宝华寺村一组，2011年入选宜昌市第四批文物保护单位。

龙凤山寺遗址

龙凤山寺遗址位于远安县花林寺镇龙凤村一组，2011年入选宜昌市第四批文物保护单位。

历史沿革：

春秋战国时期为楚国封地。

公元140年属临沮（高安、远安）县管辖。

元朝属南乡。

明属丰泉里。

清朝时，麻羊河以南属清溪铺、木瓜铺村一带属木瓜铺，花林寺村一带属后砦铺。

1921年属南乡，1934年为第二区，辖11联保、31保、316甲，1941年划为清溪乡、龙华乡。

1948年8月6日，远安县解放，设太平乡、清溪乡，属远安县第一区管辖。

1950年6月，花林区域内设12个小乡，1955年1月，第一区政府由城关迁址花林寺，下辖仍为12个小乡，1956年3月，将石头店以下的柳林、三桥、清溪、峦峰等地划归当阳县。

1956年夏秋，分设花林乡、高楼乡，辖25个高级农业合作社。

1958年9月公社化时为幸福公社，辖花林、高楼、太平、龙凤四个大队（管理区级）。

1961年5月正式成立花林区公所，辖花林、花园、旧县、龙泉、高楼、太平、龙凤七个管理区、52个大队。

1975年3月，成立花林人民公社管理委员会，将凤山、汪家、花园、季家等大队划归城关镇管理，将安鹿、高岩、董家、鹿苑、红岩等大队划归旧县公社管理。

1981年更名为花林寺人民公社管理委员会。

1984年更名为花林寺区公所。

1987年撤区并乡设立花林寺镇。

2003年11月，镇治由花林寺迁址石头店。