地名由来：明代初期余姓人氏在此开设客栈，称余家店，后简称余店。

2023年7月，余店镇获得2022年度河南省卫生乡镇荣誉称号。

2019年7月，余店镇入选2019年全国农业产业强镇建设名单。

新蔡县余店镇位于新蔡、平舆、正阳三县交界处，汝河穿境而过，总面积约134.23平方公里。下辖20个行政村和1个国营蛟停湖农场，254个自然村，401个村民组，耕地面积139981亩，总人口6.8万人，系全县人口最多、面积最大的乡镇。

近年来,镇党委、镇政府树立“围绕经济抓党建，抓好党建促发展”的指导思想，认真落实科学发展观，大力实施全民创业，稳步推进新农村建设，扎实开展平安余店创建，有力促进了全镇“三个文明”建设协调发展。该镇先后被评为省级先进基层党组织、社会治安综合治理先进乡镇，市级先进基层党组织、平安杯乡镇、信访工作先进乡镇、安全乡镇、文明村镇、农业综合开发先进单位，县级综合目标先进单位。

历史沿革：

1948年属新蔡县三区（陈店）。

1951年为新蔡县四区（余店）。

1956年属余店中心乡。

1957年设立余店乡。

1958年成立跃进人民公社。

1960年改称余店人民公社。

1983年改设余店乡。

2005年蛟停湖乡并入余店乡。

2011年设余店镇。