地名由来：古名黄崎，因澳口两岸对峙，地貌似凤，又称“凤岐”。又因海域盛产黄瓜鱼，清朝末期改名黄岐。

2021年5月，黄岐镇入选2022年度福建省乡村振兴示范乡镇创建名单。

位于连江县东北部沿海突出部，处于黄岐半岛的中心地带，依山傍海，与马祖列岛隔海相望，最近处仅距离8000米，是祖国大陆离马祖岛最近的地区。全镇辖区面积13平方公里，森林覆盖率达60%，南北两侧海岸线长达21公里。辖有4街7个村，人口2.48万，为福州市20个“商贸旺镇”之一，是黄岐半岛六个乡镇工农业产品的集散地。建有国家一级渔港，设有福建省台轮停泊点、对台小额贸易点和对台渔工输出点，是马祖列岛主要副食品供给点。盛产石斑鱼等30多种鱼类，以及海带、贻贝、扇贝等海产品，基本上形成了集海洋捕捞、海水养殖、海产品加工三大产业于一体的经济格局。战备时期遗留下的众多军事设施以及海滨独特的风光，独具魅力，发展海滨旅游前景看好。

2003年，完成工农业总产值9.81亿元，比增11.8%，其中工业产值3.98亿元，农业产值5.83亿元，财政收入412.9万元，农民人均纯收入5211元。

海峡之声黄岐广播站

海峡之声黄岐广播站位于连江县黄岐镇海英村畚箕山东坡，年代为1979—1997年。简介：1979年全国人大常委会发表《告台湾同胞书》。为顺应形势发展需要，加大对马祖乡亲的宣传力度，特在黄岐畚箕

历史沿革：

唐代属永福乡崇德里，宋代为崇德下里(后为崇德一里)，元代后改称二十六都直至清末。

民国初属第八区，1935年属第三区署，1940年首设黄岐镇，1944年后苔北琇乡并入改称黄苔镇。

1949年属第六区，1950年6月划为第八区，1952年4月正式设区，改为第九区，1955年底改称黄岐区，1958年撤区设乡，同年9月成立人民公社。

1979年4月析为安凯、黄岐、苔菉3个公社。

1984年6月撤社建乡，同年11月改为镇建制至今。