地名由来：因位于全县最高峰君山周围，故名。

2021年8月，君山片区入选第一批全国乡村旅游重点镇（乡）名单。

2021年，撤销流水镇、中楼乡、芦洋乡，设立君山镇，镇政府驻原流水镇政府驻地流水村，行政区域界线随原流水镇、中楼乡、芦洋乡行政区域界线

历史沿革：

2021年4月撤并乡镇行政区划调整后，撤销流水镇、中楼乡、芦洋乡，并置君山镇。

行政区域面积106.56平方千米，户籍人口9.28万人。

辖1个社区、44个建制村，镇政府驻流水村（原流水镇政府驻地流水村）。

君山镇位于平潭县东北部，北与东庠乡隔海相望，东临台湾海峡，南邻海坛街道，西与苏平镇接壤。