地名由来：据《吴氏家谱》记载，明天顺年间（1457－1464），吴氏由玉皇庙做生意来此，以开店为生，立村名为吴店，因镇政府驻地位于吴店村东而得名，后因镇政府位于此，故名吴店镇。

2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，吴店镇上榜。

2022年4月，吴店镇被确定为第三批山东省乡村振兴“十百千”示范创建乡（镇、街）。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，吴店镇榜上有名。

2014年9月，环境保护部授予吴店镇2012年—2013年度国家级生态乡镇称号。

2013年12月，山东省政府办公厅公布吴店镇为山东省“百镇建设示范行动”第二批示范镇。

牡丹区吴店镇是2000年经山东省人民政府批准成立的中心镇，辖38个行政村，一个社区，88个自然村，总面积58.3平方公里，现有人口5.4万人，耕地5.2万亩。

区位优越，交通便利。吴店镇位于菏泽市牡丹区城乡结合部，镇机关驻地跟日东高速公路入口处2公里，距区委、区政府7公里。省道菏刘路、临商路纵贯南北，日（日照）东（东明）高速公路横穿东西，境内设有西出入口，水、电、路、讯等基础设施日臻完善。

资源丰富，环境优良。围绕板块经济，该镇已形成绿色瓜菜、优质杂果、畜牧养殖三大主导产业。目前，绿色瓜菜面积达12000亩，优质杂果8000亩，形成以“三元猪”为主的特色养殖小区8个，专业村10个。该镇全面按照“税赋从轻，优惠从宽，手续从简”的原则，在项目建设服务上，实行“一条龙”跟踪服务，对企业实行封闭式管理，全力为企业创造优良的发展环境。

民营经济蓬勃发展。吴店镇现有各类企业100余家，涉及化工、机械制造、木材加工、农副产品加工等10余个行业，其中有骨干企业8家。广源铜带产量可达3万吨，产值达8个亿；统和木业中密度纤维板生产线达8万立方米；金珠化工年产量可达900吨。鑫泰集团又投资3000万元对阿帝兰公司进行改造和扩建；广源油嘴、牡丹地毯、成宇化工、成开装饰、科迪棉制品、印铁制罐等10余家中型企业也得到蓬勃发展。另外，新引进的计划投资4000万元的鑫泰化工已经竣工投产。工业园区内金象内燃机械、佳合制衣、科教仪器、康健卫生材料等10余个新项目正在紧张建设中。广源铜带股份有限公司即将上市，该公司计划投资13.7亿元的6万吨电子电器精密铜带项目正在紧张运作中。该镇经济运行状况态势良好。

历史沿革：

1957年，撤区并乡，为吴店乡。

1958年，成立人民公社时，分属杜庄、小留、吕陵3个公社管辖。

1979年1月，成立了“吴店人民公社”。

1983年12月，撤社建乡时设立吴店乡。

1995年10月，撤吴店乡设立吴店镇。

2000年12月，菏泽撤地设市，原刘寨乡并入吴店镇。