地名由来：曾用名沙坑市、沙坑，清乾隆年间，因建祖山庙而得名祖山坑，后演化为祖墩。

2021年2月，福建省2018-2020年度省级文明村镇社区名单出炉，祖墩乡上榜。

2020年12月，福建省爱卫办命名祖墩乡为福建省卫生乡镇。

2014年6月，环境保护部授予祖墩乡2012—2013年度国家级生态乡镇称号。

位于县城西北部，距县城26公里，清建祖山庙，称祖墩坑后改称今名。建国初属花桥区，1966年成立祖墩公社，1984年撤社改乡。土地总面积102平方公里。辖11个村委会，79个村民小组、总人口近1.05万人。产稻谷、茶叶、杉、松、竹。乡镇企业有莹石矿、茶果场等。乡办中小学10所，幼儿园12所，有中心卫生院，村村有医疗所站。310省道经此。

龙源绿茶景区

龙源绿茶景区则位于松溪县祖墩乡刘源村，总面积约3平方公里，目前已建成的项目包括：游客服务中心、旅游公厕、有机绿茶儿童研学基地、生态垂钓园、茶观光园、有机绿茶体验坊、茶宴馆、茶习所等。

伊氏宗祠

伊氏宗祠位于祖墩乡上店村，始建于清康熙年间，至今已有300余年历史，是目前我县现存较完整的清代建筑风格的祠堂建筑，是与台湾伊氏家族有血缘关系的涉台不可移动文物。祠堂坐西朝东，单进合院式。面阔

下店水尾桥

下店水尾桥位于祖墩乡下店村西南侧约100米的小溪上。为清代单孔石拱桥，桥面长14.3米，桥面宽4.3米，面积61.49平方米，保护范围四周各向外延伸10米。下店水尾桥被公布为县级文物保护单位

严地矮桥

严地矮桥位于祖墩乡严地村村落南侧。为清代单孔石拱廊屋桥。桥面长28.7米，桥面宽5米，面积143.5平方米，保护范围四周各向外延伸10米。严地矮桥被公布为县级文物保护单位。

山源永庆桥

山源永庆桥位于祖墩乡山源村罗锻桥自然村东侧约100米的小溪上。为清代单孔石拱廊屋桥。桥面长24米，桥面宽4.6米，面积110.4平方米，保护范围四周各向外延伸10米。山源永庆桥被公布为县级文

登山棋埂暗桥

登山棋埂暗桥位于祖墩乡登山村棋埂自然村东南侧约1000米。为清代单孔石拱廊屋桥。桥面长24米，桥面宽4米，面积96平方米。保护范围四周各向外延伸10米。登山棋埂暗桥被公布为县级文物保护单位。

历史沿革：

宋至道二年（公元996年）属崇仁乡庆原里十五都，俗称祖山坑，沙坑并沿至清末；1928年属庆原区，后属花桥区；1936年为祖墩坑联堡；1940年设祖墩镇；1941年祖墩镇改为祖墩乡，属花桥区；1949年9月，重设祖墩乡，属花桥区；1956年4月，祖墩乡分为祖墩、登山、坑口、溪畔4乡，属花桥区；1958年5月，4乡合并为祖墩、坑口2乡；10月，2乡降为大队，属东风人民公社（简称公社）；1962年8月，升祖墩、坑口2大队为公社，新设登山公社，属花桥区；1966年8月，祖墩、登山、坑口3公社合并为祖墩公社；1970年，仙槎大队划归渭田公社，辖10个大队；1984年10月，政社分设，恢复乡的建制，设立祖墩乡，辖10个建制村；1988年，祖墩乡林场改为甫场村，辖11个建制村。